Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
SMARCB1Q12824 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms