Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC9P31274 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC9P31274 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms