Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIG1P18858 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIG1P18858 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms