Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
LIMCH1Q9UPQ0 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms