Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM28Q13263 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
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