Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
BRCA1P38398 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRCA1P38398 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms