Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
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USP53Q70EK8 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
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USP53Q70EK8 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
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USP53Q70EK8 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
USP53Q70EK8 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
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