Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHMP4AQ9BY43 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP4AQ9BY43 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms