Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
LIMD1Q9UGP4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LIMD1Q9UGP4 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms