Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC39Q9UFE4 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms