Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC3Q9BQI4 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC3Q9BQI4 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms