Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
COL18A1P39060 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
COL18A1P39060 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms