Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SPTA1P02549 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SPTA1P02549 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms