Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC9Q9Y3X0 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC9Q9Y3X0 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 197.8 ms