Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS54Q9P1Q0 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS54Q9P1Q0 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms