Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
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USP53Q70EK8 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
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USP53Q70EK8 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
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USP53Q70EK8 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
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USP53Q70EK8 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
USP53Q70EK8 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
USP53Q70EK8 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
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