Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TCOF1Q13428 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TCOF1Q13428 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC27.52■■■□□ 2
TCOF1Q13428 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC27.51■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TCOF1Q13428 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
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