Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
USP4Q13107 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
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