Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
HOXC9P31274 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms