Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD4P09016 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms