Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC9Q9Y3X0 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.2 ms