Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP3Q9Y3E7 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP3Q9Y3E7 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms