Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMA1Q9UHB6 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMA1Q9UHB6 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms