Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms