Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
USP28Q96RU2 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
USP28Q96RU2 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms