Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS53Q5VIR6 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms