Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CLN3Q13286 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
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