Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VAMP4O75379 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VAMP4O75379 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms