Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC61Q9Y6R9 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms