Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms