Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
CHD3Q12873 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CHD3Q12873 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
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