Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMCH1Q9UPQ0 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMCH1Q9UPQ0 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms