Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms