Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms