Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

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Length 1,684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP54Q70EL1 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP54Q70EL1 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
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