Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms