Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms