Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms