Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms