Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRERF1Q96PN7 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
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