Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.82□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
RPUSD4Q96CM3 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.04
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