Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC112Q8NEF3 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms