Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CHD3Q12873 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CHD3Q12873 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
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