Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms