Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
HOXD4P09016 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms