Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP3Q9Y3E7 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms