Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC39Q9UFE4 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC39Q9UFE4 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms