Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC87Q9NVE4 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms