Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ZNF541Q9H0D2 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms