Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC43Q96MW1 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC43Q96MW1 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms